Het formaat, in dit geval Flac of Alac, speelt geen rol, aangezien deze beide lossless zijn.
Tussen beide systemen die je vernoemt, zijn er uiteraard wel grote verschillen: namelijk andere DAC en andere hoofdtelefoon. Daar zal je het genoemde verschil moeten zoeken. Misschien dat er ook een kleuring gebeurt door de software die de muziek beheert? Het lijkt mij niet uitgesloten dat bijvoorbeeld de bassen wat benadrukt worden bij een draagbare speler (iPhone).